MIS214Representaciones y algoritmos para la biología molecular computacional
Profesor: Altman
Este curso introducirá las cuestiones y métodos computacionales básicos utilizados en la biología molecular, combinando las conferencias principales, las tareas de programación, con los exámenes intermedios y finales. El curso introducirá y utilizará las fuentes de datos biológicos disponibles en los medios de comunicación de la red mundial. Los temas incluirán algoritmos básicos para la alineación de secuencias y estructuras biológicas, así como cuestiones representativas y algorítmicas más avanzadas en el cálculo de estructuras y secuencias. Entre ellos figuran, por ejemplo, algoritmos de programación dinámica para la alineación, algoritmos de superposición estructural, computación con información de distancia, definición y cálculo de motivos en 3D, modelos ocultos de Markov, árboles filogenéticos, detección de características estadísticas, algoritmos genéticos, diseño de recursos de datos, análisis automatizado de la literatura biológica, integración de bases de datos y entornos de colaboración para apoyar la biología. Requisitos previos: Se requiere una exposición previa a las matemáticas matriciales y conocimientos de programación. La familiaridad con la biología es útil, pero no es necesaria. El requisito de CS está destinado a asegurar que las personas puedan escribir programas de computadora, y entender los fundamentos de las estructuras de datos y algoritmos. El requisito de matemáticas está destinado a asegurar que la gente se sienta cómoda con el álgebra matricial. Los estudiantes pueden elegir cualquier lenguaje de programación, pero recomendamos encarecidamente considerar un lenguaje de prototipado de alto nivel para la velocidad de implementación, como Python, PERL, u otros.
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